Il se forme à partir de la 3ème semaine de développement embryonnaire.

A ce moment le coelome extra embryonnaire, sous l'effet des plicatures transversale et longitudinale, s'invagine dans l'embryon pour délimiter de dedans en dehors l'intestin primitif, le canal vitellin et la vésicule ombilicale (figure 1b).

L'intestin primitif est ensuite constitué de haut en bas de 3 parties :

L'intestin antérieur qui donnera l'intestin pharyngien, l'appareil broncho pulmonaire, l'œsophage, l'estomac, le duodénum, le foie, les voies biliaires et le pancréas. Cette partie est vascularisée par le tronc coeliaque et soutenue par le mésoduodénum.

L'intestin moyen, représenté par l'anse intestinale primitive qui est en communication avec le canal vitellin. Ce segment constituera la partie distale du duodénum, l'intestin grêle, le caecum, l'appendice, le colon ascendant et les 2/3 proximaux du colon transverse. Il est soutenu par le mésentère commun.

L'intestin postérieur, qui constituera le 1/3 distal du colon transverse, le colon descendant, le colon sigmoïde, le rectum et les 2/3 supérieurs du canal anal. Sa partie distale est ouverte dans un cloaque commun avec le sinus uro-génital qui se cloisonnera par la suite. Ce segment est soutenu par le mésocolon primitif.

Figure 2 : Coupe sagittale schématique d'un abdomen d'embryon
à la 6ème semaine de développement (d'après Kamina et DiMarino):

1 Foie (hepar)
2 Mésogastre ventral (ligament falciforme)
3 Mésogastre ventral (petit omentum)
4 V. ombilicale (V. umbilicalis)
5 Anse ombilicale (ansa intestinalis primitiva)
6Canal vitellin (canalis vitellinus ou canal omphalo-mésentérique)
7 A. ombilicale (A.umbilicale)
8 Mésocyste
9 Sinus urogénital
10 A. sacrale médiane (a. sacrales media)
11 Aorte (aorta)
12 Mésogastre dorsal
13 A. gastrique gauche (a. gastrica)
14 Estomac (ventriculis)
15 A. gastrique droite (a. gastrica dextra)
16 A. mésentérique supérieure (A.mesenterica sup.)
17 Mésentère commun
18 A. mésentérique inférieure (A. mesenterica inf.)